После позорного поражения, так хорошо начавшегося Хабаровского похода из-за полной неорганизации тыла, начались конфликты между Правительством и Командованием БПА.

"Командование определенно винило Председателя Правительства в том, что после начала отхода белоповстанцев он занял какую-то враждебную Армии позицию, советуюсь за спиной Командования с безответственными лицами о разных способах реорганизации, перемен и т.д." [4, стр. 193-194] В свою очередь Правительство стало искать поддержки у различных небольших групп армии: семеновцев, матросов Сибирской флотилии и др. В это же время начались разговоры о соглашении Японии с Советской Россией и полной эвакуации Приморья.

С. Меркулов стал прямо обвинять Командование в неудаче похода, в недостатках снабжения, в излишних затратах. Хотя и понятно было, что эти претензии абсурдны. В качестве доказательств приводились сведения о том, что будто бы расход на каждого солдата в месяц составил около 80 рублей. Очевидно, что обвинение было предвзятым и основывалось не на действительно выданном, а на разных сметных предположениях. Назначена была особая Комиссия для расследования всего хозяйственного положения. Комиссия трудилась долго, но никаких особенных злоупотреблений не выявила. По итогам ее деятельности были выявлены следующие факты.

1) По смете на 1921 год расход определялся в 40-45 руб. на человека в месяц. Из них на неотложные нужды необходимо было не менее 20 руб. на человека в месяц. Выдано же было (из тех 40-45 руб.) только 25, причем с запозданием до 1 апреля.

2) По смете на 1922 год расход выражался примерно в тех же цифрах. Выдачи же не достигли и 20 руб. на человека в месяц.

3) У Начальника Снабжения не было почти никаких ресурсов для создания хоть каких-нибудь запасов. Зато была задолженность около 200 тыс. рублей.

4) На апрель месяц для удовлетворения текущих нужд нужно было около 400 тыс. рублей. При этом чтобы выйти из положения в дальнейшем нужно создать хотя бы полумесячный запас продовольствия и фуража, а также небольшой запас по вещественному довольствию. Итого выходило, что надо было изыскать в самое ближайшее время около 1 млн. рублей или придумать что-нибудь для срочного сокращения расходов.

5) В отношении снабжения была выявлена огромная волокита. Для доказательства приводился следующий факт: "вопрос о продаже каких-то пустых банок на сумму около 200 руб. проходил через Совет Снабжения, Совет Управляющих Ведомствами и Правительство около 2 месяцев". [4, стр. 196-197]

Несмотря на все это, на заседании Совета Управляющих Ведомствами С.Д. Меркулов, вместо того чтобы искать выходы, искать средства, вновь повторил свои обвинения о недостатках снабжения и чрезмерных расходах в адрес Командования. Начштаба ген. Пучков опроверг эти обвинения с помощью цифр. Но тогда Меркулов перешел к критике недостатков организации войск. Но вопрос о том, что же надо сделать для улучшения положения, так и не был поднят.

Между тем ситуация все более осложнялась. Японцами было заявлено о возможности полной эвакуации Приморья. Армия не чувствовала в себе сил самостоятельно сражаться против большевиков, и к тому же никакой поддержки со стороны Правительства также не ощущалось. Ситуация была в этом случае практически безвыходной: Армия не могла остаться в Крае в случае прихода большевиков, а эвакуироваться могла лишь в Китай, при этом, будучи предоставлена сама себе. Правительству в его нынешнем состоянии не под силу было справиться даже с эвакуацией Гражданских учреждений, не говоря уже об Армии.

В такой обстановке неудивительно, что Армия быстро поддалась на действия против Правительства.